A etimologia do nome Aikanã é desconhecida. Este nome refere tanto a língua quanto e ao povo em geral. Não há outros nomes para se referir à língua. Porém, com respeito a função de etnonimo, há alguns subgrupos do povo que tendem a ser referidos por outros nomes.
Como resumido nas seções 2.3 e 3.1. Cassupá (ortografia adotada pelo subgrupo) e Masaka (em ortografa variável: Massaká, Massacas, etc.) são nomes pessoais de lideres de certos subgrupos antigos de etimologia desconhecida. A maioria dos Cassupá mora no territorio Comunidade Indigena Cassupa e Salamãi a 5.5 km de Porto Velho e às vezes se apresentam junto com os Salamãi como uma etnia unificada.
O nome Wiikuruta (fonologicamente /waikuruta/) provavelmente é originalmente o nome de um grupo/cla dos Aikanã que habitavam o lado direito do alto rio Pimenta Bueno. Os Aikanã foram mencionados na literatura escrita pela primeira sob esse nome como "Uapurata” em 1913 num mapa feito pela Comissão Rondon (cf. Rondon & Faria, 1948). Uma idosa senhora Salamãi recentemente afirmou que os antigos Salamãi referiram aos Aikanã com o nome Waipurutá'e (com o sufixo plural -e do Salamãi). A etimologia do nome é desconhecida, e não pode se excluir a possibilidade que foi um nome originalmente dado por um outro grupo. O nome é também encontrado como Waikorotá em Caspar (1975), que lhes menciona como inimigos dos Tuparí, localizados a consideravel distância no leste.
O nome Wiizakii (fonologicamente /wãizakai/) é originalmente o nome| de um grupo/cla dos Aikanã que habitavam o lado esquerdo do alto rio Pimenta Bueno. Os Aikanã traduzem o nome como "aqueles que moram longe”, e é possível que a etimologia envolve as raizes verbais wa- “morar" e iza- “ser longe", e o nominalizador -i.
O nome Maru é um nome pejorativo significando 'cervo, veado’ referindo a alegadas praticas incestuosas (e provavelmente nao por causa de uma conotação moderna da palavra brasileira 'veado' com homossexualidade). De fato, Maru não é uma verdadeira autodenominação, porque ninguem se identifica como descendente dos maru 'ene. É sempre uma outra pessoa que alegadamente é.
Todos os nomes, quando referindo a grupos, recebem o sufixo coletivo -ene, então: aikanã'ene, wiikuruta'ene, maru'ene, etc. Os nomes dos antigos subgrupos Wiikuruta e Wiizakii (e em menor escala Cassupá e Masaká) vivem mais na memória dos idosos, e eles podem indicar quem é descendente de qual grupo. Na comunidade atual dos Aikanã o descendentes desses subgrupos vivem misturados e as divisões vigentes hoje referem a famílias específicas ou a locais, como aldeia Rio do Ouro, aldeia Gleba, e o território dos Cassupá/Salamãi no km 5,5 em Porto Velho (cujos habitantes são conhecidos sob os nomes tradicionais de Cassupá e Salamãi, mas que são de fato unificados pela história da odisséia que lhes levou a Porto Velho).
Existe alguma variação na língua que deve representar uma relíquia de variação dialectal nos tempos antigos. Porém, não é possivel conectar essa variação sistematicamente com descendência de subgrupos regionais antigos. Depois da dizimação e desenraização dos grupos antigos Aikana (provavelmente incluindo membros de determinadas etnias vizinha: também) formou-se uma sociedade mista onde é impossivel identificar padrões dialetais antigos.
